Ambas formas son correctas. Baca se refiere al portaequipajes en la parte superior de las diligencias o automóviles: Coloca las maletas en la baca. Vaca se refiere a la hembra del toro: Ve a comprar comida para la vaca.

Son palabras homófonas, es decir, se pronuncian igual pero su significado es diferente.

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